1542 – III. Pál pápa újjászervezte az inkvizíciót a legfelsőbb hitbíróságként, Sanctum Officium néven.

Ellenreformációs intézkedései keretében szervezte újjá az inkvizíciót. A III. Pál pápa által felállított Sanctum Officium (hivatalos nevén: Congregatio Romanae et universalis inquisitionis) felette állt minden más hitbíróságnak, hozzá tartozott a pápának fenntartott bűnök és egyházi büntetések alóli felmentés joga. Ezzel egyidőben fokozták az eretnekek elleni harcot. A római katolikus egyház meggyőződése volt, hogy az emberiséget meg kell szabadítani az eretnekektől - akár erőszakkal is -, az eltévelyedetteket vissza kell téríteni a helyes útra. Máglyahalálra ítélték a legmakacsabb és öntudatosabb eretnekeket, testi fenyítés, egyházi büntetés vagy vagyonelkobzás járt a kisebb vétségekért.